I 1913 blev det katolske Lolland-Falster delt i tre distrikter med Nykøbing som det østlige sogn. Den første præst bliver franciskanerpater Salvador Janssen.
I Nykøbing startede menigheden omkring 1910 i forskellige lokaler indtil man i 1913 fik fast tilholdssted på Jernbanehotellet, det senere Hotel Baltic. Der blev holdt søndagsmesse på Sukkerfabrikken og hverdagsmesse i to små lokaler i Frisegade.
Men menigheden var på udkig efter en passende bygning med plads til både kirkerum og præstebolig. I 1915 lejede man en bygning som havde tilhørt Frimurerlogen og fik den indrettet som kirkerum med økonomisk hjælp fra Sukkerfabrikken, men efter kort tid solgte ejeren bygningen. Så var katolikkerne igen uden kirke, men pater Janssen havde planer om et kirkebyggeri. Han havde købt en grund i Bispegade med mulighed for både kirke og præstebolig. Ved hjælp af et rentefrit lån fra Sukkerfabrikken, et andet lån fra en murermester Larsen og et lille lån fra bispedømmet blev der 23.000 kr. at bygge kirke for. 19. maj 1916 var der grundstensnedlæggelse. Den blev foretaget af pastor Ronge, der var sekretær i bispedømmet. Efter at en procession af unge piger var draget ind på den nye kirkes grund blev der rejst et krucifiks på det interimistiske alter og pastor Ronge holdt indvielsestalen og hilste fra biskop von Euch som ikke kunne være til stede. Indtil kirken stod færdig blev der holdt messe på Sukkerfabrikken i et lokale man måtte rydde for tomme sække, men skriftestol havde man. Pater Janssen havde selv tømret den sammen.
Kirken blev indviet den 17. september 1916 på mindedagen for Frans af Assisis sårmærker. En symbolsk dato, som knyttede forbindelsen mellem franciskanerne i byen i fortid og nutid. Senere på dagen holdt pastor Ortved, som var den første katolske præst på Lolland-Falster, festtale, hvor han blandt andet sagde, at franciskanerne er kirkens juridiske ejere, men Gud er den virkelige ejer. Og han sluttede med: ”Således bliver dette lille Gudshus, Gud til lov og ære og kristenfolk til sjælefrelse.” Derefter var der polsk messe med både vielse og flere barnedåb.
I 1926 blev kirketårnet og de to sidekapeller bygget og i 1951 var der ombygning med nyt højalter, nyt kirkegulv og varmeanlæg. Og kirken fik fornyet sin udsmykning med en krucifiksgruppe over højaltret, hvor de to sidefigurer, Maria og Johannes, var udført af den pavelige billedskærer Stuflesser fra Sydtyrol. Denne udsmykning befinder sig nu på kirkens kontor. Og i 1960 fik kirken et tårnur med slagværk.
